COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-31 17:00:00 23.668733 23.668733 21.288875
2021-03-30 17:00:00 17.836899 17.836899 21.063168
2021-03-29 17:00:00 23.590437 23.590437 20.958952
2021-03-28 17:00:00 21.648085 21.648085 20.892743
2021-03-27 17:00:00 21.474255 21.474255 20.790555
2021-03-26 17:00:00 21.594346 21.594346 20.761087
2021-03-25 17:00:00 20.219717 20.219717 20.702270

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-31 17:00:00 19.076549 19.076549 18.638532
2021-03-30 17:00:00 8.533185 17.289459 18.204720
2021-03-29 17:00:00 21.313035 21.313035 17.671543
2021-03-28 17:00:00 19.735877 19.735877 17.475574
2021-03-27 17:00:00 20.689655 20.689655 17.446214
2021-03-26 17:00:00 23.444976 23.444976 17.480926
2021-03-25 17:00:00 13.790036 13.790036 17.369922

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-31 17:00:00 24.587459 24.587459 22.811139
2021-03-30 17:00:00 22.535211 22.535211 22.620950
2021-03-29 17:00:00 14.864865 21.577123 22.384042
2021-03-28 17:00:00 24.584718 24.584718 22.123595
2021-03-27 17:00:00 19.444444 23.050260 22.034094
2021-03-26 17:00:00 21.568627 24.740484 21.611142
2021-03-25 17:00:00 18.563923 18.563923 21.229389

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-31 17:00:00 12.192551 12.192551 11.868357
2021-03-30 17:00:00 11.312217 11.312217 11.896837
2021-03-29 17:00:00 14.075630 7.065026 12.024089
2021-03-28 17:00:00 17.239755 12.869198 12.277884
2021-03-27 17:00:00 16.461439 11.843811 12.409702
2021-03-26 17:00:00 14.486639 14.486639 12.620436
2021-03-25 17:00:00 15.243902 15.243902 12.778417

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-31 17:00:00 17.536534 17.536534 16.897000
2021-03-30 17:00:00 16.452254 21.085660 16.555083
2021-03-29 17:00:00 17.882821 30.312070 16.241792
2021-03-28 17:00:00 14.833959 14.833959 15.996896
2021-03-27 17:00:00 14.332987 14.332987 15.802936
2021-03-26 17:00:00 14.734373 14.734373 15.485604
2021-03-25 17:00:00 14.241443 14.241443 15.226162

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-31 17:00:00 34.935522 34.935522 46.437596
2021-03-30 17:00:00 36.669756 36.669756 46.246843
2021-03-29 17:00:00 80.311502 80.311502 47.079324
2021-03-28 17:00:00 51.768411 51.768411 47.205010
2021-03-27 17:00:00 47.211819 47.211819 46.981555
2021-03-26 17:00:00 50.474984 50.474984 47.319921
2021-03-25 17:00:00 41.582965 41.582965 46.927053

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-31 17:00:00 18.543046 18.543046 17.754637
2021-03-30 17:00:00 18.648310 18.648310 17.907606
2021-03-29 17:00:00 25.315391 9.317443 18.311647
2021-03-28 17:00:00 17.260062 17.260062 18.597480
2021-03-27 17:00:00 17.948718 17.948718 18.958607
2021-03-26 17:00:00 22.390671 22.390671 19.340624
2021-03-25 17:00:00 22.905332 22.905332 19.849745

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-31 17:00:00 9.402424 9.402424 8.934910
2021-03-30 17:00:00 7.902962 7.902962 8.938424
2021-03-29 17:00:00 14.217673 7.265665 8.840107
2021-03-28 17:00:00 10.944206 10.944206 8.812091
2021-03-27 17:00:00 9.370507 9.370507 8.780997
2021-03-26 17:00:00 9.362457 9.362457 8.840228
2021-03-25 17:00:00 9.543048 9.543048 8.842716

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-31 17:00:00 13.841706 13.841706 16.691837
2021-03-30 17:00:00 12.535247 17.951542 16.565132
2021-03-29 17:00:00 134.800000 12.421673 16.290887
2021-03-28 17:00:00 20.459290 20.459290 16.137141
2021-03-27 17:00:00 19.578090 19.578090 16.073799
2021-03-26 17:00:00 17.838828 17.838828 15.941916
2021-03-25 17:00:00 16.233980 18.115145 15.634068

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-31 17:00:00 35.458633 35.458633 35.799826
2021-03-30 17:00:00 44.753044 44.753044 35.472418
2021-03-29 17:00:00 30.834050 30.834050 34.146763
2021-03-28 17:00:00 33.051643 33.051643 33.681768
2021-03-27 17:00:00 36.180458 36.180458 33.215511
2021-03-26 17:00:00 36.493675 36.493675 32.760490
2021-03-25 17:00:00 35.668340 35.668340 32.423592

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-31 17:00:00 23.377752 23.377752 17.748042
2021-03-30 17:00:00 10.673077 10.673077 17.755183
2021-03-29 17:00:00 31.266846 7.600328 17.353762
2021-03-28 17:00:00 19.858435 19.858435 17.666610
2021-03-27 17:00:00 22.650376 22.650376 17.971156
2021-03-26 17:00:00 22.579564 22.579564 18.341856
2021-03-25 17:00:00 19.639469 19.639469 18.731627

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-31 17:00:00 3.074141 3.074141 4.624843
2021-03-30 17:00:00 0.892857 0.892857 4.791273
2021-03-29 17:00:00 9.740260 9.740260 4.973820
2021-03-28 17:00:00 8.433735 2.957284 5.279698
2021-03-27 17:00:00 11.191336 11.191336 5.594039
2021-03-26 17:00:00 7.181572 7.181572 5.853257
2021-03-25 17:00:00 3.312303 3.312303 6.399536

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-31 17:00:00 8.146640 8.146640 8.383812
2021-03-30 17:00:00 9.453782 9.453782 8.361741
2021-03-29 17:00:00 13.833992 7.811550 8.392817
2021-03-28 17:00:00 7.596154 7.596154 8.617390
2021-03-27 17:00:00 5.892857 5.892857 9.004122
2021-03-26 17:00:00 10.691824 10.691824 9.543456
2021-03-25 17:00:00 8.493490 8.493490 10.339090

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-31 17:00:00 52.380952 52.380952 51.508227
2021-03-30 17:00:00 44.954128 44.954128 51.600885
2021-03-29 17:00:00 40.776699 48.337596 50.852697
2021-03-28 17:00:00 42.187500 42.187500 51.005158
2021-03-27 17:00:00 54.020101 54.020101 51.967267
2021-03-26 17:00:00 55.737705 55.737705 52.551354
2021-03-25 17:00:00 67.816092 67.816092 53.576474

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-31 17:00:00 25.169770 25.169770 25.963073
2021-03-30 17:00:00 22.853985 22.853985 25.757245
2021-03-29 17:00:00 31.464435 31.464435 25.201536
2021-03-28 17:00:00 26.090632 26.090632 25.215781
2021-03-27 17:00:00 26.439318 26.439318 24.978754
2021-03-26 17:00:00 26.436064 26.436064 24.582133
2021-03-25 17:00:00 24.333239 24.333239 24.429595

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-31 17:00:00 36.488748 36.488748 39.386183
2021-03-30 17:00:00 24.494706 24.494706 38.908986
2021-03-29 17:00:00 22.599195 50.273145 39.904806
2021-03-28 17:00:00 88.209176 88.209176 40.308732
2021-03-27 17:00:00 41.607957 41.607957 40.264723
2021-03-26 17:00:00 39.452555 39.452555 39.641252
2021-03-25 17:00:00 39.901865 39.901865 39.547152

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-31 17:00:00 12.371134 5.795486 7.786151
2021-03-30 17:00:00 8.109177 8.109177 7.803676
2021-03-29 17:00:00 12.528648 12.528648 7.795115
2021-03-28 17:00:00 9.575185 7.705628 7.792567
2021-03-27 17:00:00 12.424242 7.662338 7.618701
2021-03-26 17:00:00 8.356808 8.356808 7.500223
2021-03-25 17:00:00 7.104377 9.138155 7.401040

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-31 17:00:00 100.000000 15.387272 15.031658
2021-03-30 17:00:00 NaN 15.589420 14.870993
2021-03-29 17:00:00 15.821782 15.821782 14.619452
2021-03-28 17:00:00 16.229564 16.229564 14.472007
2021-03-27 17:00:00 15.589420 15.589420 14.322077
2021-03-26 17:00:00 13.397417 13.397417 14.214568
2021-03-25 17:00:00 13.695486 13.695486 14.075062

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-31 17:00:00 14.959634 14.959634 13.342137
2021-03-30 17:00:00 13.846515 13.846515 13.251276
2021-03-29 17:00:00 18.493027 10.228924 13.103998
2021-03-28 17:00:00 14.106001 14.106001 13.078576
2021-03-27 17:00:00 13.498344 13.498344 13.057905
2021-03-26 17:00:00 13.882124 13.882124 12.985216
2021-03-25 17:00:00 14.278160 14.278160 12.871094

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-31 17:00:00 21.121252 21.121252 21.795050
2021-03-30 17:00:00 19.935691 19.935691 21.130944
2021-03-29 17:00:00 38.888889 38.888889 20.286509
2021-03-28 17:00:00 25.431711 25.431711 20.116623
2021-03-27 17:00:00 27.106227 27.106227 20.215026
2021-03-26 17:00:00 26.644463 14.487927 20.029222
2021-03-25 17:00:00 22.554890 22.554890 19.906089

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-31 17:00:00 13.080169 20.361248 20.074459
2021-03-30 17:00:00 13.571429 24.126984 19.109551
2021-03-29 17:00:00 44.262295 8.866995 18.897605
2021-03-28 17:00:00 27.304965 27.304965 18.447459
2021-03-27 17:00:00 43.103448 21.034483 18.203842
2021-03-26 17:00:00 18.095238 18.095238 18.295995
2021-03-25 17:00:00 20.748299 20.748299 18.170874

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-31 17:00:00 43.932499 43.932499 34.619369
2021-03-30 17:00:00 20.113920 33.125667 34.151710
2021-03-29 17:00:00 17.304493 43.023532 34.134689
2021-03-28 17:00:00 34.675228 34.675228 33.632769
2021-03-27 17:00:00 31.512003 31.512003 32.821499
2021-03-26 17:00:00 30.745524 30.745524 32.927295
2021-03-25 17:00:00 27.203625 27.203625 32.526080

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 19.076549 19.076549 18.638532
Basilicata 24.587459 24.587459 22.811139
Calabria 12.192551 12.192551 11.868357
Campania 17.536534 17.536534 16.897000
Emilia-Romagna 34.935522 34.935522 46.437596
Friuli Venezia Giulia 18.543046 18.543046 17.754637
Lazio 9.402424 9.402424 8.934910
Liguria 13.841706 13.841706 16.691837
Lombardia 35.458633 35.458633 35.799826
Marche 23.377752 23.377752 17.748042
Molise 3.074141 3.074141 4.624843
P.A. Bolzano 8.146640 8.146640 8.383812
P.A. Trento 52.380952 52.380952 51.508227
Piemonte 25.169770 25.169770 25.963073
Puglia 36.488748 36.488748 39.386183
Sardegna 12.371134 5.795486 7.786151
Sicilia 100.000000 15.387272 15.031658
Toscana 14.959634 14.959634 13.342137
Umbria 21.121252 21.121252 21.795050
Valle d'Aosta 13.080169 20.361248 20.074459
Veneto 43.932499 43.932499 34.619369

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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